Vilniaus panoramoje iš toli švyti Vilniaus Šv. Jono Krikštytojo ir šv. Jono apaštalo ir evangelisto bažnyčios varpinės bokštas ir vakarinis fasadas, apsuptas universiteto pastatų. Šv. Jono bažnyčios statybos pradžia siejama su Lietuvos krikštu. Vilniaus jėzuitų akademijos ir Šv. Jono bažnyčios 1773–1774 m. inventoriuje rašoma, kad bažnyčia pradėta statyti Lietuvos didžiojo kunigaikščio ir Lenkijos karaliaus Vladislovo Jogailos 1386 m., o Aleksandro Vytauto baigta statyti 1426 m. ir po metų pašventinta.
Jėzuitai į Vilnių atvyko 1569 m. pakviesti vyskupo Valerijono Protasevičiaus ir tais pačiais metais rudenį įsteigė Vilniaus kolegiją. Vilniaus Šv. Jono bažnyčia 1571 m. buvo perduota Jėzuitų kolegijai; 1579 m. paukštinta į Vilniaus Jėzuitų akademiją (dabar Vilniaus universitetas).
Vilniaus Šv. Jono bažnyčioje pamokslus sakė garbūs jėzuitai: Petras Skarga, Žygimantas Liauksminas, Motiejus Kazimieras Sarbievijus, Albertas Kojelavičius-Vijūkas, Konstantinas Sirvydas, Antanas Skorulskis. Be to, Vilniaus jėzuitų akademijos bažnyčioje ypatingomis progomis būdavo priimami Lietuvos ir Lenkijos valdovai, vykdavo studentų disputai, būdavo teikiami diplomai, rengiami vaidinimai.Iki mūsų dienų bažnyčia yra Vilniaus universiteto pastatų architektūros ansamblyje, kuris formavosi XVI–XIX a. Bažnyčios architektūroje išliko gotikos, renesanso, baroko ir klasicizmo architektūros elementų. Pietinis gotikinis portalas (kuris atidengtas bažnyčios šoninio įėjimo prieangyje, einant iš Šv. Jono gatvės), primena, kad bažnyčia buvo pastatyta ankstyvosios gotikos laikotarpiu. Tai buvo trijų navų, halės tipo pastatas su trejais portalais, smailiaarkiais langais, bažnyčios skliautai rėmėsi į aštuoniabriaunius piliorius. XVI a. bažnyčios vakarinis fasadas įgavo renesansines formas. Jėzuitai bažnyčią perstatė: pailgino rytų kryptimi, pastatė mūrinę varpinę. Įrengė naujas koplyčias su altoriais, kaip Dievo Kūno koplyčią, koplyčias: studentų mažajai, vidutinei ir didžiajai kongregacijoms. XVII a. pr. už didžiojo altoriaus įrengtas Loreto Švč. Mergelės Marijos altorius su Loreto Švč. M. Marijos skulptūra, sukurta Italijoje ir atvežta į Lietuvą 1647 metais.
Po 1737 m. ir 1749 m. gaisrų vyko Vilniaus Šv. Jono bažnyčios rekonstrukcijos darbai, paaukštinta varpinė. Bažnyčios rekonstrukcijai vadovavo pasaulietis architektas Jonas Kristupas Glaubicas (Glaubitz), kuriam priskiriamas vėlyvojo baroko darniai sujungtų banguojančių formų fasadas. Paminėtina, kad bažnyčios rekonstrukciją vykdė vienas žymiausių XVIII a. Lietuvos jėzuitų provincijos architektų Tomas Žebrauskas.
Buvo sukurta nauja bažnyčios įranga, pastatytas vargonų choras, šoninėse navose įrengtos 7 koplyčios, bažnyčios presbiterijoje ir navose buvo pastatyti 23 dirbtinio marmuro altoriai, papuošti paveikslais, skulptūromis ir stiuko lipdiniais. XVIII a. buvo sukurtos sienų tapybos kompozicijos. Bažnyčią dekoravo ir puošė jėzuitų vienuolijoje išugdyti skulptoriai Mykolas Šikas (Schyk), Jokūbas Grimas (Grym), tapytojai Jonas Salmanas (Sahlman), Juozapas Friderikas Obstas (Obst), bažnyčiai klausyklas ir meniškas suolus (keli išliko bažnyčioje) pagamino jėzuitas stalius Ignotas Bartčas (Bartsch), skulptūras kūrė pasauliečiai skulptoriai Jonas Hedelis (Hedel) ir Juozapas Voščinskis (Woszczynski). Altorius ir puošybą rėmė Lietuvos diduomenė, Vilniaus amatininkų cechai ir čia veikusios brolijos.
1773 m. uždarius Jėzaus Draugiją, bažnyčia perduota Vyriausiajai Lietuvos mokyklai, vėliau Stepono Batoro imperatoriškam universitetui. 1827–1828 m. Universiteto vadovybė ėmėsi bažnyčios remonto, ir rekonstrukcijos darbams pakvietė architektą Karolį Podčašinskį. Tuomet buvo nugriauta 13 altorių. Išlikusios altorinės skulptūros buvo patalpintos ant konsolių prie bažnyčios piliorių, pakeisti altorių paveikslai, uždažyta skliautuose buvusi XVIII a. tapyba.
Po 1832 m., kai universitetas uždarytas, bažnyčia priklausė Vilniaus medicinos-chirurgijos akademijai. 1842 m. tapo parapine bažnyčia. Caro valdžios įsakymu uždarius kai kurias Vilniaus bažnyčias, iš jų į Šv. Jono bažnyčią buvo atkelta dalis paveikslų ir skulptūrų bei kito inventoriaus. Paminėtina, kad į Šv. Jono bažnyčios Šv. Onos koplyčią buvo 1864 m. perkeltas Šv. Viktoro (Viktorino) altorius iš Vilniaus Švč. Mergelės Marijos (pranciškonų) bažnyčios.
Per XIX a. I pusėje – XX a. pr. laikotarpyje bažnyčioje įrengti memorialiniai paminklai Eduardui Odynecui (191 m.), Jeronimui Stroinovskiui, memorialinės lentos Adomui Mickevičiui (1899 m.), Liudvikui Vladislovui Kondratovičiui Sirokomlei (198 m.), Tadui Kosciuškai (1917 m.) ir kt. Virš vargonų choro pastatytas kompozitoriaus Stanislovo Moniuškos (Moniuszko) biustas .
Nuo 1939 m., atgavus Lietuvai Vilnių, bažnyčioje pamokslus skaitė Vilniaus arkivyskupas Mečislovas Reinys, kunigai Aleksandras Markaitis, Antanas Šeškevičius SJ, Karolis Garuckas SJ, Alfonsas Lipniūnas, ir kiti. 1948 m. bažnyčia atimta iš tikinčiųjų ir uždaryta. 1965 m. bažnyčia oficialiai perduota Vilniaus universitetui, 1964–79 m. restauruota pagal Romano Jalovecko projektą: atnaujintos koplyčios, altoriai, atidengta dalis sienų tapybos kompozicijų vidurinėje navoje, Šv. Stanislovo Kostkos ir kitose koplyčiose, senojoje zakristijoje. 1979 m. atidarytas Vilniaus universiteto Mokslo muziejus; sukurtos memorialinės skulptūrinės lentos: Lietuvos istorikui Simonui Daukantui, (skulpt. Gediminas Jokūbonis) Šv. Jono bažnyčios pamokslininkui Konstantinui Sirvydui (skulp. Juozas Kėdainis).
Vilniaus Šv. Jono bažnyčia šiandien patraukia ir šimtmečius menančiais paminklais. Dabar bažnyčioje yra 6 koplyčios: Dievo Kūno (Oginskių), Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo, Šv. Onos (Mažosios kongregacijos), Šv. Stanislovo Kostkos (Viduriniosios kongregacijos), Šv. Barboros (auksakalių cecho), Šv. Kozmo ir Šv. Damijono (Piaseckių). Presbiterijoje išliko dešimt altorių, kurie sudaro erdvinės architektūrinės kompozicijos, ansamblį su skulptūromis, primenantį barokinį Theatrum Sacrum. Didysis altorius su Nukryžiuotojo skulptūra, kabančia arkoje ir Kristaus Krikšto skulptūrine kompozicija virš arkos, yra vienoje ašyje su Loreto Švč. Mergelė Marijos altoriumi. Didysis altorius sujungtas su Šv. Ignaco Lojolos ir Šv. Pranciškaus Ksavero altoriais.
Bažnyčios pietinio įėjimo prienavyje stovi nežinomo autoriaus XVIII a. II pusėje sukurta Šv. Ignaco Lojolos skulptūra, skulptoriaus Giuseppe Rusconi kompozicijos, esančios Vatikano Šv. Petro bazilikoje, kopija. Šventovės rytiniame fasade, ant sienos, įtaisyta 1759 m. sukurta Chreptavičių šeimos paminklinė lenta.
Bažnyčios pietinio įėjimo prienavyje stovi nežinomo autoriaus XVIII a. II pusėje sukurta Šv. Ignaco Lojolos skulptūra, skulptoriaus Giuseppe Rusconi kompozicijos, esančios Vatikano Šv. Petro bazilikoje, kopija. Šventovės rytiniame fasade, ant sienos, įtaisyta 1759 m. sukurta Chreptavičių šeimos paminklinė lenta.
Dabartiniai bažnyčios vargonai yra perkelti 1836–1839 m. iš Polocko jėzuitų bažnyčios Iki mūsų dienų išliko kai kurios senųjų vargonų dalys. Profesionalių meistrų dėka vargonai vėl prabilo 2 m.
Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, bažnyčia 1991 m. atšventinta, iki šiol ją aptarnauja jėzuitai. Nuo tada bažnyčios rektoriais buvo šie Jėzaus Draugijai (jėzuitų vienuolijai) priklausantys kunigai: nuo 1991 m. kun. Jonas Boruta SJ (dabar Telšių vyskupas), kun. E.Merkys SJ, nuo1998 m. kun. Antanas Saulaitis SJ, nuo 1999 m. kun. Leo Leise SJ, nuo 21 m. kun. Algis Baniulis SJ, nuo 27 m. kun. Stasys Kazėnas SJ. Bažnyčioje dirbavosi Eucharistinio Jėzaus Seserys: Birutė Gučaitė, Aušra Karaliūtė, Ramunė Murauskaitė, Marija Marozaitė.
Vilniaus Šv. Jono bažnyčioje susibūrė: Šeimų bendruomenės grupė, Rožinio grupė, Našlių grupė, Paauglių grupė, TAIZĖ grupė, Vyrų maldos grupė, Sekmadienio vaikų tarnyba, Gospel choro grupė, Ignaco pratybų grupė. Bendruomenės nariai dalyvauja rekolekcijose, piligriminėse kelionėse, rengia kartu su Eucharistinio Jėzaus Seserimis šeimų stovyklas Vilniaus rajone, prie Guobšto ežero.
Dabar Šv. Jono bažnyčia priklauso Vilniaus Universitetui. Bažnyčioje vyksta pamaldos, Universiteto studentų diplomų įteikimo šventės, koncertai, kiti renginiai.
